最常见的症状是腰痛和血尿。仅少数在肾盂中较大不活动的结石，又无明显梗阻感染时，可长期无症状，甚至患肾完全失去功能，症状仍不明显。在肾盂内较小的结石由于移动性大和直接刺激，能引起平滑肌痉挛，或结石嵌顿于肾盂输尿管交界处发生急性梗阻时，则出现肾绞痛。典型的肾绞痛为突然发作，呈剧烈刀割样痛。疼痛可沿输尿管向下放射到下腹部、外阴部或大腿内侧。男性可放射到阴囊和睾丸，女性放射到阴唇附近。持续时间不等，并伴有恶心、呕吐，患者坐立不安，面色苍白，大汗淋漓，可呈虚脱状态。绞痛后出现血尿，多为镜下血尿，也有肉眼血尿，或有排石现象。亦有结石逐渐长大导致慢性梗阻，发生肾积水和脓尿。在独肾或双肾结石，偶可发生完全性阻塞，或虽为单侧肾结石嵌顿，由于肾肾反射机理，可引起急性尿闭，甚至发生急性肾功能不全。有的病人表现为贫血、胃肠道症状或尿路感染而就诊，易造成误诊。体检可有肾区叩击痛，在结石引起肾积水多时能摸到肿大的肾脏。