慢性尿路感染的根治，是有一定困难的。尤其是女性，因尿道较短，容易引起逆行感染。一般慢性下尿路感染，对肾功能没有影响。但如因上行感染引起急慢性肾盂肾炎，特别是慢性肾盂肾炎，就会引起慢性肾功能损害。所以应积极治疗。

治疗慢性尿路感染，可采取以下措施：
1、去除引起慢性感染的各种诱发因素：如机体抵抗力减弱、慢性阴道炎症、不洁性生活等。
2、急性发作治疗——经验治疗：
药物可选择头孢或喹诺酮类，方法为：
1） 头孢曲松2.0 加入生理盐水250ml 静滴 日1次，3~5日；症状好转后，改头孢克洛 0.25 每8小时1次 服，5天。
2 ）氧氟沙星 100ml （200mg）或左氧氟沙星100ml（100mg ）， 静滴 日1次，3~5天，改氧氟沙星（或左氧氟沙星） 0.2 日2次口服。
两方案选1个即可。
3、若尿路感染反复发作，则应做尿培养＋药敏，以选择敏感而有效的抗生素进行冲击治疗，疗程2周。
4、慢性尿路感染患者，应采用长期低剂量抑菌疗法：即每晚睡前服药1次，药物选择以对细菌敏感、副作用小为原则，时间6个月或更长。
5、平时可适当多饮水，但不要憋尿。排尿可冲掉尿道中的细菌，要养成睡前排尿的习惯。
6、注意保持会阴部清洁，可以用清水或高锰酸钾等清洁液清洁外阴等。