内窥镜检查可见嗜酸粒细胞在胃肠道浸润甚广，可从咽部至直肠，其中以胃和小肠最多见，按浸润范围可分为局限型和弥漫型。

局限型以胃窦部最多见，肉眼所见为坚实或橡皮样、平滑、无蒂或有蒂的息肉状肿块，突入腔内可导致幽门梗阻。本型多见于40～60岁的病人，男女均可发病，表现为较急性的上腹部痉挛性疼痛、恶心、呕吐，可伴腹泻。过敏史不明确。

弥漫型往往仅引起粘膜水肿、充血、增厚，偶见浅表溃疡和糜烂。肠道病变多为弥漫型，受累肠壁水肿、增厚、浆膜面失去光泽、有纤维渗出物覆盖。多见于30～50岁，男多于女，表现为上腹部痉挛性疼痛，伴恶心、呕吐。发作无规律性，可能与某些食物有关，用抗酸解痉剂不能缓解。粘膜受累严重者，可导致呕血、黑粪、腹泻、吸收不良、肠道蛋白质丢失、缺铁及体重下降等。肌层受累明显者，可引起肠梗阻。浆膜受累者，可导致含有大量嗜酸性粒细胞的腹水或胸水。约半数患者伴有其他过敏性疾病，如湿疹、哮喘、过敏性鼻炎等。80%的病例有胃肠道症状，病程可长达数十年。