疱疹性咽炎起病急，病儿表现为突然的高烧，热度高是本病的特点，可高达39—40、，有时还会出现40~C以上的超高热。另一个特点是发烧时间长，一般短的3-5天，长的可达7-10天，服用各种中西药退热效果均不佳，不过烧到一定时间总会自动退烧，所以又叫自限性疾病。

与发烧的同时，病儿口腔粘膜先充血、水肿，并且出现很多只有针头大小的透明小疱，这些疱疹很快会破溃成为溃疡。如果疱疹很多，破溃后的溃疡就会连成片，溃疡表面覆盖着一层黄白色的膜，这层膜是由脱落的口腔粘膜上皮、白血球及细菌等混合而成的。疱疹及溃疡多集中在咽部，所以病儿咽部疼痛明显，特别是形成溃疡之后，疼痛更加剧烈，严重影响病儿饮食及喝水，有时还会引起呕吐。