1、心内膜炎时形成的血栓可溶解、脱落进入血流，形成栓子。栓子随血流运行引起脑、心肌、肾脏、脾脏等组织器官的栓塞及相应部位的梗死。栓子中含有细菌团块时可成为败血性栓子，在栓塞的部位形成转移性炎灶。
2、引起瓣膜病--心瓣膜受到各种致病因素损伤后所引起的器质性病变称为瓣膜病。心瓣膜炎的过程，在瓣膜上形成血栓性赘生物或发生溃疡，当肉芽组织修复损伤或机化赘生物后，常可导致瓣膜皱缩或互相粘连，引起瓣膜闭锁不全或瓣膜口狭窄，进一步导致心室扩张和心肌肥大，如果病情加重发生失代偿时，最终引起心功能衰竭。