MPGN的病因与发病机制不十分明确。I型MPGN认为是免疫复合物病，由相对大的难溶的免疫复合物反复持续沉积引起。患者血清中常存在循环免疫复合物，冷球蛋白，补体异常。免疫荧光显示IgG、IgA、C3在肾小球内皮下和系膜区呈颗粒状分布。动物试验中，给家兔反复注入异性蛋白，若兔产生高活力抗体可产生I型MPGN的动物模型。在免疫复合物性疾病如系统性红斑狼疮，某些感染性肾炎如乙肝肾炎、分流性肾炎等在临床特征，血清学和组织形态学与I型 MPGN有类似之处。

　　Ⅱ型MPGN患者血清中也存在免疫复合物、冷球蛋白、补体异常、血清C3持续降低。均提示免疫复合物在Ⅱ型 MPGN中的作用。但免疫荧光检查，抗人Ig和补体血清不与致密沉积物起反应，故基膜内致密沉积物性质不明。有研究证实含致密物的基膜除涎酸增多，胱氨酸含量下降外，其他化学成分似乎正常。认为致密物是正常基膜中变性的糖蛋白聚集的结果。聚集在系膜基质中致密物也可能来源于这种基膜样物质。也有人认为基膜内致密物，可能是一种失掉抗原决定簇的宿主蛋白，是宿主对免疫损伤发生的独特反应。Ⅱ型MPGN患者血清中可检出C3肾炎因子（C3NeF），C3NeF 是C3bBb转化酶的自家抗体，使C3bBb作用加强，导致补体旁路持续激活，产生持续低补体血症和基膜变性。所以补体代谢障碍为中心环节。

　　另外，Ⅱ型MPGN肾移植中常复发，可能因病人血清中存在能引起异常糖蛋白形成的物质沉积于基底膜而导致肾炎。

　　本病可能与遗传有关，Ⅱ型MPGN患者常出现HLA-B7。大多I型MPGN病人具有特殊B细胞同种抗原。