肾结核常以尿频为起始症状，随着病情发展，约75～85％的病人有尿频、尿急、尿痛。若膀胱结核严重尿频更甚，一日数十次，甚至出现类似尿失禁现象。血尿也是泌尿系结核的常见症状，多为终末血尿，因膀胱收缩时结核性溃疡出血所致。少数病例的血尿也可能是来自肾脏病灶，血尿不伴膀胱刺激症状。肾结核引起的脓尿呈米汤样混浊。泌尿系结核的局部症状不明显，肾肿大、压痛等较少见，若引起肾脓肿或继发感染时才有局部体征。晚期泌尿系结核，一侧肾结核对侧肾积水,或两肾结核破坏可导致功能损害而出现尿毒症,膀胱壁的结核溃疡有向邻近器官穿透形成瘘道者，如结核性膀胱结肠瘘或膀胱阴道瘘。尿道狭窄引起的排尿障碍是尿道结核的唯一症状。

典型的症状是尿频、尿急、血尿或脓尿。全身症状可有体重减轻、低热、乏力或贫血。也可无任何症状而在尿常规检查时才被发现。