病因多因急性化脓性鼻窦炎未得到及时合理地治疗迁延而致。其它病因与急性化脓性鼻窦炎相似，感染、变应性鼻炎和鼻窦引流障碍是其主要原因。牙源性上颌窦炎可慢性起病。

慢性化脓性鼻窦炎的致病菌大多数是混合感染，近年来以流感杆菌、变形杆菌和链球菌多见。

病理慢性化脓性鼻窦炎的病理变化，无论从肉眼观察或显微镜检查，其差异很大，各家分型也不一致，常分为水肿、息肉、浸润、纤维、囊肿等病理改变，实际上常混合存在，其中以水肿或息肉多见。窦壁骨质可增生变厚，也可疏和吸收。