病因：
尚未完全阐明，一般认为和病毒感染有关。证据有：

1.发病前患者常有上呼吸道感染史，发病常随季节变动、且具有一定的流行性。

2.患者血中有病毒抗体存在（抗体的效价高度和病期相一致），最常见的是柯萨奇病毒抗体，其次是腺病毒抗体、流感病毒抗体、腮腺炎病毒抗体等。虽然已有报告，从亚急性甲状腺炎患者的甲状腺组织中分离出腮腺炎病毒，但亚急性甲状腺炎的原因是病毒的确实证据尚未找到。
另外，中国人，日本人的亚急性甲状腺炎与HLA-Bw35有关连，提示对病毒的易感染性具有遗传因素，但也有患者与上述HLA-Bw35无关。

病理学：
甲状腺肿大，质地较实。切面仍可见到透明的胶质，其中有散在的灰色病灶。显微镜下见病变甲状腺腺泡为肉芽肿组织替代，其中有大量慢性炎症细胞、组织细胞和吞有胶性颗粒的巨细胞形成，病变与结核结节相似，故有肉芽肿性或巨细胞性甲状腺炎之称。

病因

一般认为可能与病毒感染有关：①多数患者于起病前有上呼吸道感染；②当腮腺炎流行时，亦可造成流行性甲状腺炎；③病人血清中常有高滴度的病毒抗体，最常见的为柯萨奇病毒抗体，其次是腺病毒抗体，流感病毒抗体和腮腺炎病毒抗体等；④在受累的甲状腺组织中曾直接培养出腮腺炎病毒。

病理

甲状腺肿大，多为弥漫性，可达正常的1～3倍，或呈结节状，切面可见透明的胶质，中有散在性灰色病灶。光镜下可见较多的巨细胞与肉芽组织，伴有纤维化与慢性炎症细胞浸润，病变与结核结节类似。