非细菌性前列腺炎须与其他特异性前列腺炎，尤其是慢性细菌性前列腺炎相鉴别。有时在鉴别诊断中还应考虑尿道炎和膀胱炎。在有刺激性排尿症状和细菌培养阴性的中老年男性患者中，还应仔细地分析是否有膀胱肿瘤，特别是膀胱癌的存在，这时除作尿细胞学检查外，还须作膀胱镜检查。