尽管曾在大量感染后有极少数的死亡报道,但急性原发性组织胞浆菌病几乎都是自限性的.慢性空洞性组织胞浆菌病死亡由严重呼吸功能不全所致.未加治疗的进行性弥散性组织胞浆菌病死亡率＞90%,并且常因误诊所致,因为症状和体征是非特异性的,特别是艾滋病人,常很快发展成为致命性感染.

　　除罕见的严重肺炎外,急性原发性组织胞浆菌病一般不需进行抗真菌治疗.对慢性型治疗可使组织胞浆菌培养转阴,病程变慢或停止,但不能改善纤维化病变.两性霉素B或伊曲康唑对本病有效,但复发常见.治疗严重的弥散性病例首选两性霉素B,较轻型病例可选用伊曲康唑.对有艾滋病的患者,由于最佳的治疗持续时间不清楚,因此,可用伊曲康唑进行无限期的治疗以防止复发.氟康唑疗效较差.间歇性静脉注射两性霉素B可用于对唑类药物不耐受的艾滋病人的长期抑制疗法.