呼吸科成立于1958年，是我所临床重点学科。1975年呼吸病房与国内协作组开始合作，并于1985年牵头正式成立了中华医学会儿科分会呼吸学组。近年来，呼吸科充分利用我所科研与临床结合的优势，在管理方面组成了由业务院长亲自牵头，临床、科研、医疗行政部门共同参与的“呼吸重点学科领导小组”，制定了病原、病因流调；门诊病人监测；病毒及基因标本检测；住院
病人治疗方案管理；呼吸病人远期疗效观察等系统的病种管理模式。在临床方面形成了由哮喘中心、呼吸免疫门诊为代表的特色门诊；有特级专家为首的经验丰富的专家队伍以及技术娴熟的护理队伍；有30张床位的专业病房，每年收治大量呼吸系统疾病和其他疑难杂症患儿，住院病人诊断符合率为92.48%，抢救成功率为100%；具有多台先进仪器的肺功能室可进行各种肺功能测定，为呼吸系统疾病的诊断提供依据。2000年，呼吸科利用申请到的北京市科委重点学科资金，进一步开展呼吸系统疾病发病机制探讨，并为呼吸道合胞病毒疫苗的研制提供有关基因信息。2002年，呼吸科已正式组建国内第一个系统的、规范的儿科门诊呼吸治疗室，计划在为患儿提供更好的医疗服务的同时，进一步探索我国呼吸治疗医师的培养方向。同年成立了纤维支气管镜室，利于对呼吸系统疑难病的诊断和治疗。在科研方面：呼吸科与临床实验室、高科技实验室等合作，在呼吸道疾病病毒监测与检测的研究方面，取得多项突破。2003年2月成立了北京市儿童呼吸系统疾病诊断治疗中心，此项目得到北京市政府的资助，为北京市重点扶植的学科。