北京同仁医院外科包括肝胆外科、消化道肿瘤外科、以甲状腺为主的综合外科1、以乳腺为主的综合外科2、血管外科、整形美容科及细胞移植实验室。每日完成大量医、教、研任务。总体水平达北京市先进水平，某些领域达北京市领先水平。肝胆外科是普外科重点科室。
　　近年来，北京同仁医院普外科广泛开展了微创手术，包括：腹腔镜胆囊切除手术、腹腔镜肝囊肿开窗术，胆总管结石十二指肠镜下括约肌切开取石术，大肠镜下息肉、肿物活检及切除术。腹腔镜手术是现代科学和外科技术的完美结合，手术时外科医生只需在病人的腹壁上切开3－4个1厘米左右的微小切口，作为腹腔镜手术器械进入腹腔的通道，外接电视监视器，医生在电视监视下进行手术操作，手术视野清晰，术后伤口不用缝合。病人在术后1天就可下床活动、进食，3天就可出院，4周后可照常工作生活，伤口瘢痕小。腹腔镜手术主要用于慢性腹痛。难以下决心是否手术的急腹症、腹部恶性肿瘤的分期等诊断和胆囊切除术，先天性肝囊肿开窗引流术、疝修补、阑尾切除术等治疗。
　　肝外胆管结石常规开腹创伤大，必须置放"T"管引流。最少两周才能拔除"T"管，两周后才能出院。而应用12指肠镜下乳头切开取石，如无并发症，3天左右即可出院，其优点是花钱少、创伤小、恢复快。
　　内镜临床应用在早期大肠癌诊断及大肠癌术前分期方面的诊治水平已在国内领先。该科应用扩大肠镜（国内现仅2－3台）对大肠病变进行"活体显微镜"检查，使医师在检查同时立刻明白是癌前期病变还是癌，应用超声肠镜检查肿瘤浸润深度及有无周围淋巴结转移，从而制定适宜的治疗方案。此检查手段，使以前大肠癌不能进行术前分期的问题得以解决。使一部 分以前需开腹手术的患者经内镜就可去除病灶（高频电切除），更使一部分过去认为不能保肛的早期直肠癌患者通过内镜切除。后入路局部切除及用肠合器低位切除吻合保留了肛门，既提高了生活质量，又保证了治疗的彻底。