南京市儿童医院创建于1953年4月，前身为南京方济各玛丽亚女修会1936年创办的圣心儿童院。现占地面积28086平方米，建筑面积44651平方米。1990年成为南京大学医学院教学医院，1997年被评为江苏省三级甲等儿童医院，1999年成为南京医科大学附属医院，是一所集医疗、科研、教学、预防、康复于一体的综合性儿科医学基地。

　　医院现有床位420张，临床医技科室35个，专业设置齐全，主要有儿内科（新生儿、呼吸、心内、肾脏、消化、内分沁科、神经内科、血液、中西医结合），儿外科（胸心外科、骨科、普外、脑外、烧伤整形、沁尿外科、新生儿外科），急诊科，门诊部（内、外科门诊，耳鼻咽喉科、眼科、口腔科、皮肤科、中医科、理疗科），儿保康复科，特需医疗服务部，麻醉手术科，药剂科，检验科，放射科，功能检查科，病理科等科室，并设有儿科研究所及呼吸、心血管、新生儿、临床药理研究室，其中省属重点学科4个，市属重点学科2个。2004年门急诊人次95.2万人次，收治住院病儿18834人次。

　　医院现有职工1043人，卫生专业技术人员818人，其中硕士生导师16名，高级职称以上专家111人，43人次在国家级和省级学术机构中任领导职务。拥有享受国务院特殊津贴专家7人，省“135”重点医学人才、省“333”新世纪科学技术带头人、市卫生局“213”人才梯队等业务骨干26人。
　　
　　医院坚持“科技兴医”的战略，积极开展科研工作。每年开展局以上科研课题20余项，获省市各项成果奖10余项，在各级专业杂志上发表学术论文160余篇。
　　
　　医院拥有一批实力较强的师资队伍，设小儿内科、小儿外科、小儿传染3个教研室，承担南京医科大学、南京大学医学院等院校儿科理论教学任务。每年接受实习、进修生200余人次，为社会培养了大量的儿科人才。

　　医院还非常注重与世界各国的友好往来，先后与来自美国、加拿大、日本、德国、澳大利亚、斯洛伐克的同行进行学术交流与合作。与加拿大西安大略省儿童医院结为姐妹医院，与美国国际儿童心脏病基金会联合成立了“南京中美儿童心脏病研究中心”。与澳大利亚皇家墨尔本儿童医院、美国霍普儿童医院签订协议书，定期交流合作，不断提高医院的学术诊疗水平。　　

　　医院为进一步加快发展，攀登儿科医学领域的新高峰，更好地为广大患病儿童服务，正向上一流服务、一流技术、一流质量、一流设备的现代化儿童医院迈进。