创建于1936年的南京市妇幼保健院，已走过了68年的风雨历程。在几代人的奋发努力下，尤其是改革开放以来，在省卫生厅、市卫生局的领导下，认真贯彻全国卫生工作方针和妇幼卫生工作方针，牢牢把握社会主义办院方向，解放思想，深化改革，与时俱进，抓住机遇，拓展服务领域，积极主动适应新时期市场经济需要，医院规模不断扩大，业务迅速发展，已成为集妇女儿童保健、医疗、教学、科研为一体的、在社会上享有较高声誉的市级妇幼保健院。1993年被卫生部、世界卫生组织和联合国儿童基金会命名为“爱婴医院”，1994年成为南京医科大学教学医院，1999年，成为江苏省首家三级甲等妇幼保健院，2003年成为南京医科大学附属妇幼保健院。

　　医院坐落于南京市中心，占地面积1.25万平方米，建筑面积2.67万平方米，开放床位322张。现有职工688人，其中卫生技术人员517人，高级职称57人。2003年门急诊345062人次，收治病人10667人次，分娩5652个新生命。医院设有12个一级科室,41个二级科室,8个医技科室及其业务科室,6大行政职能部门,形成了功能齐全、结构合理的医院管理体系。其中产前诊断研究室为省级重点科室,中医科为南京市中医重点建设单位。南京市妇女保健所、儿童保健所、新生儿疾病筛查中心均设于院内。　　

　　医院注意发挥专科特色优势，加强产前诊断研究室、生殖不孕诊疗中心、新生儿科、宫颈疾病诊疗中心、妇科肿瘤、乳腺病科、腔镜中心、口腔科、新生儿疾病筛查中心、中医科、超声影像科等重点专科建设。施行高危妊娠管理，开展妊娠合并症诊治；进行产前、产时、产后全程监护，推行纯自然分娩、无痛分娩、坐式分娩、家庭式待产、一对一全程陪伴分娩、家庭式一体化分娩（LDR室分娩）、婴儿泳疗等一系列以母子保健需求为导向，以母婴安全为目标的爱婴爱母新举措；开展羊水细胞培养及染色体核型分析，发现世界首报染色体异常核型8例，国内首报2例；1985年率先在省内开展新生儿先天性、代谢性、遗传性疾病筛查，19年来筛查新生儿22.8万人次，筛查出异常患病儿91例，帮助其他医院确诊数十例，均给予及时治疗，减少了痴呆儿的发生；按照国际十条标准，实施长效管理，巩固爱婴医院成果，大力推行母乳喂养,院内母乳喂养率达98%；开展无痛人流、药物流产，连续21年开展44万例计划生育手术无事故发生；开展腹腔镜等微创手术，在各种妇科疾患、妇科肿瘤、乳房疾患的诊治方面经验丰富；中医妇科别具特色，在常见病、疑难病的诊治方面均有独到之处。1990年以来，医院获国家、省、市、局级科研成果奖44项，发表和交流学术论文千余篇，先后与日本、意大利、荷兰、朝鲜、美国、澳大利亚、肯尼亚、加拿大等国家、地区的医学团体和学者进行了广泛的学术交流。　　

　　医院连续数年被省、市、局评为“文明单位”、“巾帼建功先进集体”、“妇幼卫生工作先进集体”，荣获“南京市民主管理先进集体”、“南京市社会治安综合治理先进集体”、“南京市花园式单位”等称号。