上海市第五人民医院的前身是“西人隔离医院”，由英国人创建于1914年。1939年，日本同仁会接受医院，改称为“同仁会上海医院”，1945年中国政府接管该院，定名为上海市市立第五医院，次年开始接受国立上海医学院（上海医科大学前身）实习生。1949年上海解放后，医院更名为“上海市第五人民医院”。1960年2月，医院迁至闵行。1989年被认定为上海医科大学教学医院，每年教学任务超过150人。1993年被评定为二级甲等综合性医院。1998年9月，闵行区政府与上医大签定了共建协议，上海医科大学附属上海市第五人民医院（筹）正式挂牌。2000年4月27日，随着上医大的与复旦大学合并成立新的复旦大学，医院被定名为复旦大学医学院附属上海市第五人民医院（筹）。
　　医院目前占地5.81公顷，建筑面积3.9万平方米，核定床位604张，开放床位665张。99年底，医院在编职工1022人，专业技术人员858人，高级职称59人，其中正副教授24人，研究生导师1人，博士研究生1名、硕士研究生14人，享受国务院津贴专家6人。医院有4人入选上海市（区县）学科带头人培养对象，1人入选上海市“医苑新星”。医院设有临床科室26个，医技科室7个，职能科室16个。