附属儿童医院是三级甲等医院、爱婴医院、北京大学教学医院、北京高等医学专科学校教学医院、规范化服务达标医院。　　
　
　　医院设有内科、外科、急诊科、保健科、耳鼻喉科、口腔科、眼科、中医科、皮肤科等临床科室，并根据儿童发病特点开设了呼吸、神经、心血管、新生儿、血液、消化内科，新生儿外科、普外、泌尿外科，生长发育、营养、智力测查等20多个专业，及哮喘、血管瘤等6个专病门诊。　
　　
　　为满足不同层次患者的需求，医院还建有特需门诊、A 级病房及计算机远程医疗咨询会诊中心。医院拥有CT、彩超、动态心电、脑电图系统、诱发电位、自动生化分析仪等各种先进的检查、诊断设备。专家门诊应诊专家80余人，其中特级专家12人。医院平均年门诊量70余万人次，年住院病人6000余人次。