第三军医大学大坪医院是全军唯一一所集综合性教学医院和专职研究所为一体的三级甲等医院，院所占地面积18万余平方米，建筑总面积18万平方米。
院所展开床位1000张，设有26个临床科室，12个医技科室，9个研究室和14个教研室。拥有PET（正电子发射计算机断层显像仪）、肿瘤适形调强治疗系统、西门子核磁共振成像仪、西门子全身螺旋CT、东芝ECT、贝克曼全自动生化分析仪、惠普5500型彩色多普勒超声诊断仪、32道电生理记录仪、毛细血管电泳仪、流式细胞仪、数字减影血管造影机、超声胃镜、肠镜、腹腔镜、直线加速器、后装机、高压氧舱群、头颅伽玛刀、中子刀等大型仪器设备1000余台，设备总价值近4亿元。住院部病房全部使用中央空调、中心吸氧、中心吸引、中央传呼等先进设施，手术室达到全层流标准。
现有中、高级技术职称600余人，中国工程院院士1人，博士、硕士导师百余人。设有博士后科研流动站，主办了《中华创伤杂志》（中、英文版）、《创伤外科杂志》和《现代健康人》等杂志。拥有1个国家级重点学科（野战外科学）、2个基地（国家药品临床研究基地、全军战创伤救治训练基地）、2个全军重点实验室（战创伤基础研究实验室、交通医学实验室）、1个全军研究所（交通医学研究所）、3个全军医学专科中心(胸心外科专科中心、战创伤救治专科中心、优生优育中心)、4个重庆市研究所（高血压、耳鼻咽喉--头颈外科、创伤愈合与组织工程、交通医学）、一个重庆市重点学科（胸心外科）、7个学校重点学科，1个博士后流动站、31个博士、硕士权授予点科学。