非细菌性前列腺炎的前列腺分泌物中有异常数量的炎症细胞，但细菌培养或其它方法均不能发现致病菌。曾试图证实某些非常见的病原体（如专性厌氧菌支原体、衣原体，或其它原虫病毒等）是非细菌性前列腺炎的病因，但未获成功。诸多猜测认为支原体与非细菌性前列腺炎有关但无充分的证据经细菌学和血清学试验表明它们之间也无明显的因果关系。某些研究人员认为非细菌性前列腺炎是一种免疫性疾病，仅在排除其它特异性前列腺炎后才能确定非细菌性前列腺炎的诊断。

细菌性前列腺非炎除不引起尿路感染外其临床症状与体征与细菌性前列腺炎相类似。尽管在非细菌性前列腺炎患者的前列腺分泌物中有大量的炎症细菌，但分段尿细菌培养和其它检查方法均未发现致病菌X线和内窥镜检查除作为排除其它疾病外，对诊断无帮助。

本病须与其他特异性前列腺炎尤其是慢性细菌性前列腺炎相鉴别。有时在鉴别诊断中还应考虑尿道炎和膀胱炎。在有刺激性排尿症状和细菌培养阴性的中老年男性患者中还应仔细地分析是否有膀胱肿瘤，特别是膀胱癌的存在，这时除作尿细胞学检查外还须作膀胱镜检查。

非细菌性前列腺炎是否引起其它并发症尚不清楚但本病症状反复发作者常有焦虑、抑郁和其它精神异常反应。非细菌性前列腺炎或者细菌性前列腺炎西医西药治疗，观察不到满意的效果时，一定要及时接受中医中药的系统治疗，足量用药。以免迁延转成慢性前列腺炎，导致患者承受久治不愈的巨大心理压力和精神负担。中医药治疗具有辨证灵活，调换组方自由度大，因病施治，因人施治，标本兼治，愈后不复发，治本除根的优势。